不过朱由检能忍，因此他一直寻找时机，好一举清除阉党。天启七年，抓准时机铲除了魏忠贤的羽翼，使魏忠贤处于孤立无援的境地，然后一纸诏书，贬魏忠贤凤阳守陵，旋之下令逮治。在其自缢而死后，下令磔尸于河间。随即平反冤狱，重新启用天启年间被罢黜的官员。起用袁崇焕为兵部尚书，赐予尚方宝剑，托付他收复全辽的重任。
前面也说了，崇祯帝是一个生性多疑的君主。袁崇焕此人，是少有的大将。辽东能稳稳的护住，而没有被满清铁骑踏破，他功不可没。只要有他在，满清便只能干看着，而不敢强行攻城。可惜的是这位大将，不是死于敌手，而是死于自己效忠的君主。清朝只施了一个离间计，便让崇祯对袁崇焕有所怀疑，最后给了清朝可乘之机。
周氏嫁给崇祯后，尽心尽力的辅佐崇祯，最后还是国破身亡，可悲可叹。她这一生，何时能了三子三女，也有三子两女和三子一女的说法。
三子分别是：皇太子、怀隐王朱慈烜、定哀王朱慈炯。
三女分别是：坤仪公主、昭仁公主、长平公主朱徽娖。
其中存在争议的便是昭仁公主和长平公主朱徽娖，有人说昭仁公主为袁贵妃所生，而长平公主朱徽娖或为周氏近侍王选侍所生。不过史料，多说长平公主为周氏亲女。《长平公主诔》：“长平公主者，明崇祯皇帝女，周皇后产也。甲申之岁，淑龄一十有五。”《人海记》：“长平公主周皇后所出，甲申春，年十五。”