宣德十年。明宣宗朱瞻基去世，皇太子朱祁镇登基为皇帝，孙皇后被尊为皇太后。正统十四年，明英宗朱祁镇被瓦剌所俘，京师告急，明朝陷入空前危机。孙氏一边让钺王朱祁钰继续监国，一边积极筹措金银钱财，希望将宣宗换回来。在久未有消息的时候，孙太后果断摈弃了部分朝臣的南逃主张，采纳了兵部侍郎于谦等主战派的意见，让庶子朱祁钰即位，封朱祁镇的儿子朱见深为太子，是为景泰帝，终于化解了危机。
朱祁钰虽然登基继位，但是孙太后仍然没有放弃换回朱祁镇的打算。经过多方努力，终于换朝。明英宗还朝之后，明景帝却贪恋权柄，并没有还政的打算。在这之前，不仅想法设法的将朱祁镇之子朱见深的太子之位废除，改立自己的儿子为太子，并且将换朝的英宗幽禁在南宫。
孙太后在景帝的压制之下，暂时没有找到突破之法，只得静候时机。景泰八年石亨等将领密谋发动夺门政变，复立明英宗。《明史》：“石亨谋夺门，密白于太后，许之。”他们的打算得到了太后的支持，在经过著名的“夺门之变”后，明英宗复位，孙太后上徽号曰“圣烈慈寿皇太后”。
天顺六年，孙太后崩逝，葬于景陵，谥为孝恭懿宪慈仁庄烈齐天配圣章皇后。