后来李自成起兵，连克数城，情况十分危急。巩永固上书崇祯帝没希望他能迁都南京。并表示南京是明朝旧都，那里的百姓都对明朝颇有感情，而且自己也能组织起数万人护住迁都。巩永固原想着先迁都南京，随后再图复兴，哪知道最后崇祯皇帝举步不前，到底没有成行。
后来李自成势如水火，很快攻至北京，崇祯帝将巩永固诏入宫中询问，还能不能迁都南京。巩永固告知如今的形势，迁都已经不可行，君臣两人相对落泪。
公元1643年，乐安公主去世，那个时候北京沦陷没有多久。巩永固将子女无人集中在公主的停棺处，并用绳子将他们拴在棺材上，对他们说他们都是皇室后裔，不能被贼子侮辱，因而点酒放火，将孩子连同公主的棺材一起焚烧，而他自己也随后自尽。
《明史列传卷一百二十一列传第九》：”乐安公主，下嫁巩永固。永固，字洪图，宛平人，好读书，负才气。崇祯十六年二月，帝召公、侯、伯于德政殿，言：“祖制，勋臣驸马入监读书，习武经弓马。诸臣各有子弟否？”成国公朱纯臣、定国公徐允祯等皆以幼对。而永固独上疏，请肄业太学。帝褒答之。总督赵光抃以边事系狱，特疏申救。又请复建文皇帝庙谥。事虽未行，时论韪焉。甲申春，贼破宣、大，李邦华请太子南迁，为异议所格。及事急，帝密召永固及新乐侯刘文炳护行。叩头言：“亲臣不藏甲，臣等难以空手搏贼。”皆相向涕泣。十九日，都城陷。时公主已薨，未葬，永固以黄绳缚子女五人系柩旁，曰：“此帝甥也，不可污贼手。”举剑自刎，阖室自焚死。“