在战乱的战国时代，大名们需要大量的刺探敌军情报和对敌人城市开展破坏活动，所以 忍术在这一时代出现了飞跃性的发展。忍术发达的地区有以下几处：武藏、甲斐、越后、信浓、伊贺、甲贺、纪伊等地区，其中伊贺、甲贺的忍术在日本是最为发达的。伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是在战略上的位置却是十分的重要：因为它们靠近日本的中央近畿地带。在战国时代在伊贺与甲贺的弹丸之地上先后崛起了六十多家土豪（每家的最大兵力不超过50个人，按中国的算法他们充其量就是小股的土匪武装而已）。地盘虽小，这里的竞争却是是超乎外人想像的激烈。土豪们彼此虚情假意的结盟，暗中互相刺探一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈的血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照中国古籍《文选·左思·吴都赋》中的"百川派别，归海而汇"思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
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