《华盛顿邮报》专栏作家卡特里娜·霍伊维尔在悼念托马斯的文章中指出，9·11之后，美国被国家安全问题的大雾所笼罩，华盛顿的许多媒体和记者们畏首畏尾，不敢提出异议，生怕被人认为他们不爱国，尽职地响应政府发起的战争。托马斯是当时少数的异类，曾公开批评她的媒体同行们从来不向小布什提出尖锐深刻的问题。她曾说过：“我根本不信会有一个政府不想管理、掌控，或者策划新闻。白宫总是想把总统最好的一面展现出来。这再自然不过，任何一个政府都希望记者把他发布的新闻当作福音，不加任何质疑。”“政府可以宣传它的立场，而记者的职责是挖掘真相。”
2000年由于合众国际社被收购，托马斯离开了这家工作了57年的媒体，成为赫斯特新闻社驻华盛顿的专栏作家。不久，她又回到了白宫新闻发布会现场，不过她的座位在后排，直到2006年才再度回到前排。2010年5月，犹太学者、独立电影制片人戴维·内塞诺夫问托马斯怎样评论以色列，她回答：“让他们滚出巴勒斯坦。记住，巴勒斯坦人的土地被侵占了。这是他们的土地。”在被问及犹太人应该回到哪里时，她说道：“他们应该回家，波兰、德国、美国和其他任何地方。”此言论一出，各种批评接踵而至。白宫发言人罗伯特·吉布斯谴责她的言论具有“攻击性，应受到谴责”，白宫记者协会也难得发出警告，称她的言论“是站不住脚的”。最后，托马斯不得不从赫斯特新闻社辞职。2011年1月，记者协会宣布取消海伦·托马斯终身成就奖。她漫长的职业生涯由此蒙上一层阴影。由于她的反犹言论，在她逝世后，哈马斯组织哈桑旅在网上对其表示哀悼。
在托马斯离世后，许多媒体和记者纷纷撰文对托马斯在新闻事业上的贡献予以赞扬，也有一些批评人士对她的所作所为表示质疑。《洛杉矶时报》专栏作家乔治·戈德堡认为，托马斯是个左翼人士，她的反以色列立场不能归结于她的黎巴嫩裔家庭血统;在水门事件中，她从精神不太稳定的玛莎·米切尔那里获得独家信息，这有违职业道德。他引用一个评论家的话说，托马斯获得多个奖项，但没有一个奖项提到她对新闻以及女性保护做出了什么贡献。记者安德鲁·弗格森说：“人人都钦佩海伦，虽然没有人能告诉你为什么。”
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