秦灭六国之后，虽经焚书坑儒，但是《周易》《山海经》被当作卜筮之书，因无关政权而得以在民间保留。汉朝宗室刘向和刘秀搜罗秦朝典籍，编校了《山海经》，供汉文帝阅读。
所有这些神秘典籍都无一例外的不注明作者和成书时代，原因很简单，那些商朝贵族沦为奴隶后，嫉恨上天神灵，于是违背祖训神约，秘密散播这些典籍，但又担心遭到天谴，所以没有署名和记载成书年代。
一直以来，《山海经》被认为是一部以神话为主的书。鲁迅在《中国小说史略》里说它“盖古之巫书”，当是凭情之论。
《山海经》中记录的一些事物和事件逐渐被人们证实
然而，随着人类对未知世界探索能力的不断增强，《山海经》中所记录的一些事物和事件逐渐被人们证实。比如近年发现的玄龟，这是一种鹰头龟身的奇怪动物，在《山海经·海内经》中早有记载，当时没人见过，认为是神话中存在的动物，如今发现之后，才知道确实是真实存在的。
探究夸父追日中的疑点
现在看来，历史学家凌纯声的看法可能较符合实际，即：《山海经》乃是以中国为中心，东及西太平洋，南至南海诸岛，西抵西南亚洲，北到西伯利亚的一本《古亚洲地志》，它记述了古亚洲的地理、博物、民族、宗教等诸多宝贵的资料，这是否可以认为：《山海经》并不是一本简单的神话故事书或者巫书，而是掺杂了很多神话小说的古代笔记?
夸父追日中的疑点
《山海经》关于夸父追日这个故事的表述，历来有着两种截然不同的观点。褒扬者认为夸父为追求光明和温暖，不辞辛苦，非常执著，是中华民族勤劳善良的典范，这个故事和“愚公移山”的故事有着异曲同工之妙;另一种观点认为：夸父追日就如同蚍蜉撼大树，不自量力。
杨公骥先生认为，夸父逐日的故事有其极为深刻的寓意：只有重视时间和太阳竞走的人，才能走得快;越是走得快的人，才越感到腹中空虚，才需要并接收更多的水(不妨将水当作知识的象征);也只有获得更多的水，才能和时间竞走，才能不致落后于时间。杨先生这一观点被编入《中国文学》一书，受到许多人的赞同。