这则消息马上引起各界的好奇，然而，6个小时之后，空军第8军总司令罗杰·雷梅发表的声明彻底推翻了马瑟尔少校之前的说法，他称马瑟尔少校得到的并不是飞碟，而是一个气象气球的残骸。
7月9日，另一篇报道则说农场主布雷泽尔既没有看到“飞碟”也没有听到爆炸声。军方前后矛盾的说法，使人们不禁怀疑其中另有隐情。一直到1993年，美国空军迫于各方压力开始对“罗斯威尔事件”展开调查。
1994年9月8日，美国空军以负责内政安全和特别项目监理部长理查·韦伯个人的名义，发表了题为《空军有关罗斯威尔事件的调查报告》。报告称：“在本次调查中，没有发现任何证据可以表明，1947年发生在罗斯威尔附近地区的事件，和任何一种地外文明有关。”
令人意想不到的是，这份报告虽然推翻了“飞碟”的说法，但却首次透露了“罗斯威尔事件”与当时一项被视为高度机密的“莫古尔”侦察计划有关。
解剖外星人实验
“莫古尔”计划是美国在1947年6、7月间进行的一项绝密的军事试验，目的是放飞一些携带着雷达反射板和声音感应器的气球，利用这些气球探测苏联核子试验所产生的冲击波，以监视当时苏联的核子试爆。
1947年6月4日，肩负着神秘使命的多个探测气球，在阿拉莫戈多陆军航空兵基地以及怀特桑靶场悄悄地升上了天空。
值得注意的是，在当时的资料里记录了这样一段文字：“1947年6月，纽约大学的研究小组施放过一只代号‘飞行器四号’的探空气球，事后没有进行回收。”
“莫古尔”计划中发射的探测气球是用氯丁橡胶制成的，有些探测器材外面包有锡箔，气球下方悬挂着一串酷似风筝的雷达靶标，便于美国军方追踪气球的位置。