这场大爆炸的消息迅速传遍了全国，全国上下都震骇至极，人心惶惶。由于古代的人们都相信“天人感应”学说。在明朝的时候院这种学说尤为流行，上到天子王公下到黎民百姓，都相信如果国家政治清明、百姓安康，上天就会降下祥瑞以示鼓励;但如果国家政治腐败，忠奸不分、黎民困苦，上天就会降灾异以示警告。
因此，很多人都认为这次大大爆炸就是上天对当今皇帝的警告。因为明朝天启年间的政治也实在是昏庸至极。于是，王公大臣们都纷纷上书，要求熹宗皇帝匡正时弊，重振朝纲。熹宗皇帝见群情激愤，而且这件事情发生的也实在是既诡秘又恐怖，不得不下了一道“罪己诏”，表示要“痛加省醒”，并告诫大小臣工，“务要竭虑洗心办事，痛加反省”，希望借此能使大明江山长治久安，“万事消弭”。同时，熹宗还从从国库中拨出黄金一万两用来救济灾民，派出京兆一带的官员负责查明爆炸的发生的前因后果。
古代北京区域图
后来经过调查，人们发现这次大爆炸发生的确实有点蹊跷，一是在爆炸发生之前发生了很多奇怪的征兆。二是，在爆炸中有许多的人失踪。
有一位新任总兵拜客，带着七名跟班地衙役，走到元宏寺大街时，听到一声巨响后，竟然连人带马都消失得无影无踪。在爆在发生后，西会馆的塾师和学生一共三十六人也全都不见了踪影。还有几个抬着大轿子的人在承恩街上行走，爆炸之后，大轿被打坏了，依然还在原处，但轿子里的人和八名抬轿的轿夫却都不知去向。更为奇怪的是，菜市口有个姓周的人，正站着同别人说话，爆炸之后，居然头颅不见了，尸体倒在地上，而同他说话的几个人却都没事。
这还不算奇怪，最为奇怪的是这次爆炸中的遇难者，不论男女，不论死活，也不管是在家中还是在路上，都被脱光了衣服。不论是长袍马褂，还是短衫鞋帽都在顷刻之间不知去向，爆炸发生的地区的人在爆炸发生后，无论是死的还是活着的，全都变的赤身裸体，一丝不挂。后来人们发现，这些被脱去的衣服全都飘到了离爆炸发生地十几里处的西山一带，衣服全都挂在树梢上。