到此为止，我们发现所找到的资料对以上的说明差异性不大，均是以同一理论为观点。但在下来，讨论到为何磁力线会影响到温度时，便出现了新、旧两种差异性颇大的理论。
依照旧理论的说法，由于太阳黑子里面磁力线大量密集，强大的磁场阻碍著太阳由内部到日面的对流，也就是电浆在黑子区的强大磁场之下不能随意移动，形成类似栓塞的效果，防止能量继续从内部流向表面。当栓塞上方的物质冷却后，已将近五千公里的时速流回太阳表面，周围的电浆便朝向黑子中心的磁场中进一步冷却并沉降，在磁场强度未衰之前，冷却效应便能够继续维持黑子结构的稳定。
由于磁拴塞能够防止热流向太阳面，因此太阳黑子下层温度逐渐升高。天文学家在 1998 年6月的观测发现，太阳黑子其实很浅，表面下五千公里处的声速明显较高，显示该处的温度也较周围为高，与太阳黑子在表面处所呈现的现象刚好相反。新的理论同样以强大的磁场为基础，但却认为磁场不但没有抑制，反而大大加速能量的传送。
太阳黑子的强大磁场把大部份热流变为磁流体波，沿磁力线迅速传播出去，能量就此化为波动(wave)，
因而冷却下来。
太阳黑子活动周期
黑子的形成周期短，形成后几天到几个月就会消失，新的黑子又会产生。太阳黑子是太阳活动的重要标志，其活动存在着明显的周期性，周期平均为11.1年。黑子群对地球的磁场和电离层会造成干扰，并在地球的两极地区引发极光。
黑子是由本影和半影构成的，本影就是特别黑的部分，半影不太黑，是由许多纤维状纹理组成的。当大黑子群数量增多时，就预示着太阳上将有剧烈的变化。人类发现太阳黑子活动已经有几千年了。黑子的活动周期为11.2年。届时会对地球的磁场和各类电子产品和电器产生损害。在开始的4年左右时间里，黑子不断产生，越来越多，活动加剧，在黑子数达到极大的那一年，称为太阳活动峰年。在随后的7年左右时间里，黑子活动逐渐减弱，黑子也越来越少，黑子数极小的那一年，称为太阳活动谷年。国际上规定，从1755年起算的黑子周期为第一周，然后顺序排列。1999年开始为第23周。