然而，仅仅6个小时之后，空军第八军总司令罗杰·雷梅发表了声明，彻底推翻了马歇尔少校的说法。他说，空军方面得到的只是一个带着雷达反应器的气象气球的碎片而已，根本没有飞碟这回事。7月9日的《每日纪事报》登载了消息，农场主既没有看到飞碟，也没有听到爆炸声。
当地电台也接到华盛顿的命令，不得再播报和飞碟有关的消息。惊天消息转眼就成了假新闻。
对此事美国官方最终给出了一个看似合理的解释：农场主布雷泽尔捡到的碎片其实是美军的“莫古尔计划”中释放的探测气球残骸，这种探测气球用来监视苏联的核试验所产生的冲击波。因为这在当时是军事机密，因此不便对外公开。而对外星人尸体则解释为该计划中用来做撞击实验的假人。
一会是飞碟、一会又是气球，军方对此事改口之快让无数UFO爱好者难以接受，他们认为其中必定隐藏了不为人知的秘密。
罗斯维尔事件发生在20世纪40年代，那个时期美国目击UFO事件特别多，而罗斯维尔事件是其中最有鼻子有眼儿、又最具有官方背景的一件。美国军方的出尔反尔，反而欲盖弥彰，让事实显得更加扑朔迷离。
罗斯维尔事件之后，美国空军开始推行“蓝皮书计划”，用以调查不明飞行物。
1969年12月17日，美国空军宣布，终止“蓝皮书计划”，将全部相关档案转往美国国家档案馆现代军事分馆，并将部分档案公之于众。
其中一份解密的报告中记录了从1947年至1969年间美国空军接到的全部UFO目击报告，共有12618件。其中有701件为UNIDENTIFIED，即为不明飞行物，也就是说，有11917件报告当局都能以已知物体来解释。
在这份总结报告中，对“蓝皮书计划”作了以下的“盖棺定论”：
一、经美国空军报告、调查、并评估的所有UFO事件中没有一起有任何对国家安全造成威胁的迹象;
二、美国空军没有得到任何证据表明被列为“不明”飞行物的事件是超出当今科技发展水平或违反已知科学规律的;