“反对派”以英国著名物理学家霍金的言论最有代表性。霍金认为，宇宙有1000亿个银河系，每个都包含上亿个行星，如此庞大的空间里，地球不可能是唯一演化出生命的行星。在他看来，外星生命极有可能以微生物或初级生物的形式存在，不排除存在威胁人类的高智能生物。
霍金认为，鉴于外星人可能将地球资源洗劫一空，人类主动寻求与他们接触有些太冒险。“如果外星人拜访我们，我认为结果可能与哥伦布当年踏足美洲大陆类似。那对当地印第安人来说不是什么好事。”
除安全上的担忧，资金不足也是外星人搜寻计划面临的困境。
《异形》
上个世纪60年代以来，美国在寻找外星人项目上投入大量财力物力。加州大学伯克利分校创建SETI时科研人员有150多人，但由于预算经费不足，目前全职科学家只有24名。
据德媒报道，美国加州政府已经暂停多个寻找外星人的项目。据悉， SETI每年的运营费用至少需要150万美元，这笔资金主要由加州政府和美国国家科学基金会提供，SETI还会自筹一部分资金。此次 NIROSETI项目的资金支持，主要是由加州当地私人企业家比尔·布鲁姆菲尔德夫妇提供的。
英国著名物理学家霍金，是寻找外星人计划最为著名的“反对者”。
不过，质疑和困难并未动摇科学家的信心。SETI组织创始人、美国天文学家弗兰克·德雷克指出，我们正处在一个历史性大发现的前夕，随着探测效率和技术的进步，未来二三十年内很可能会接收到来自外星人的信号。
如果德雷克预言成真，我们这一代地球人也许能够见证这一激动人心的时刻，揭开太空邻居的神秘面纱。