由于魏征能够犯颜直谏，即使太宗在大怒之际，他也敢面折廷争，从不退让，所以，唐太宗有时对他也会产生敬畏之心。有一次，唐太宗想要去秦岭山中打猎取乐，行装都已准备停当，但却迟迟未能成行。后来，魏征问及此事，太宗笑着答道：「当初确有这个想法，但害怕你又要直言进谏，所以很快又打消了这个念头。」还有一次太宗得到了一只上好的鹞鹰，把它放在自己的肩膀上，很是得意。但当他看见魏征远远地向他走来时，便赶紧把鸟藏在怀中。魏征故意奏事很久，致使鹞子闷死在怀中。
贞观六年，群臣都请求太宗去泰山封禅。藉以炫耀功德和国家富强，只有魏征表示反对。唐太宗觉得奇怪，便向魏征问道：「你不主张进行封禅，是不是认为我的功劳不高、德行不尊、中国未安、四夷末服、年谷未丰、祥瑞末至吗？」魏征回答说：「陛下虽有以上六德，但自从隋末天下大乱以来，直到现在，户口并未恢复，仓库尚为空虚，而车驾东巡，千骑万乘，耗费巨大，沿途百姓承受不了。况且陛下封禅，必然万国咸集，远夷君长也要扈从。而如今中原一带，人烟稀少，灌木丛生，万国使者和远夷君长看到中国如此虚弱，岂不产生轻视之心？如果赏赐不周，就不会满足这些远人的欲望；免除赋役，也远远不能报偿百姓的破费。如此仅图虚名而受实害的事，陛下为甚么要干呢？」不久，正逢中原数州暴发了洪水，封 禅之事从此停止。
贞观七年（633），魏征代王珪为侍中。同年底，中牟县丞皇甫德参向太宗上书说：「修建洛阳宫，劳弊百姓；收取地租，数量太多；妇女喜梳高髻，宫中所化。」太宗接书大怒，对宰相们说：「德参想让国家不役一人，不收地租，富人无发，才符合他的心意。」想治皇甫德参诽谤之罪。魏征谏道：「自古上书不偏激，不能触动人主之心。所谓狂夫之言，圣人择善而从。请陛下想想这个道理。」最后还强调说：「陛下最近不爱听直言，虽勉强包涵，已不像从前那样豁达自然。」唐太宗觉得魏征说得入情入理，便转怒为喜，不但没有对皇甫德参治罪，还把他提升为监察御史。
贞观十年（636），魏征奉命主持编写的《隋书》、《周书》、《梁书》、《陕书》、《齐书》（时 称五代史）等，历时七年，至此完稿。其中《隋书》的序论、《梁书》、《陈书》和《齐书》的总论都是魏征所撰，时称良史。同年六月，魏征因患眼疾，请求解除侍中之职。唐太宗虽将其任为特进这一散职，但仍让其主管门下省事务，其俸禄、赏赐等一切待遇都与侍中完全相同。