公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱。这情形让我们联想到复活节岛采石场上突然停工的情景。这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求，辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。
玛雅人抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林，这种背弃文明、回归蒙昧的做法，是出于自愿、还是另有隐情那。后来很多专家也有过这种猜测，例如外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移，然而，这些假设和猜测都是缺少说服力的。
首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族，因此，外族侵犯之说就站不住脚。气象专家几经努力，仍然拿不出公元8世纪至9世纪间，南美大陆有过灾难性气候骤变的证据，同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨却依然保存完整，因此地震灾难之说可以排除。至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无可能耗时如此长久。
对于玛雅人的消亡之谜，美国的艾力克和哥雷克两兄弟提出了另一个惊人的说法玛雅人是外星人，因为在一个星球遇到致命的灾难，而逃离到地球。