在他83岁那年，中风和一次心脏病猝发使他的脑子和动作都迟钝了下来。每天傍晚他从实验室走向他的住所时，他要在校园的长椅上坐上几次，学生向他打招呼时，他只是微笑着点头回答，看来此时说话已经变成他的一种负担了。
1988年12月，他发表他的一年一度的“灯光学”演讲时，忽然脑子变成一片空白，讲话结结巴巴，接着好一会一句话也讲不出来。随后他咧嘴笑道：“嗯，我本来是知道的，事实上，我还写过好几本书，不过，我现在已经老得有些忘记了，因此你们去看书好了。”
1990年1月4日，哈罗德·艾格顿平静地去世了，终年87岁。追悼会上，当时的美国总统乔治·布什致悼词说：“他非但是一位国际知名的科学家和发明家，也是一位划时代的摄影大师，更可贵的是他乐善好施，肯帮助别人，尤其是失败者，在他身上真正体现出了基督爱人知己的精神。”