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公元1562年（嘉靖四十一年），倭寇进犯福建，并联合福宁、连江等地的倭寇，先后攻陷寿宁、政和、宁德等地，从广东南澳方面侵略的倭寇联合福清、长乐的倭寇攻陷玄钟所，并进犯龙岩、松溪、大田、古田、莆田等地。
倭寇声势浩大，当地官军不敢进攻，于是胡宗宪传令让戚继光带兵剿[ jiǎo ]贼。戚继光领命后引兵先进攻横屿，横屿四面水路险隘不易通行，戚继光命将士们每人手持一束稻草，填壕而进，大破横屿倭寇，斩首两千二百余级。而后，戚继光乘胜追击，杀至福清，捣毁牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余党慌忙逃往兴化，戚继光也不停歇，一路狂追，又捣毁倭寇据点六十余营，斩首无数。
戚继光平定福建倭患后班师回浙江，行至福清，遇见少量倭寇从东营澳登入，戚继光率兵急攻，斩首两百人。经过几番战斗，闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光。
戚继光回到浙江后，从日本国本土而来的新的倭寇又伺机侵略，他们人数日益壮大以后，袭击兴化，但围攻了好几个月都没有攻下来。而此时刘显派了八个人带着书信到兴化传达信息，被倭寇拦杀，倭寇就换上刘显使者的服饰骗开城门，趁机攻陷了兴化城。
倭寇攻陷兴化后，刘显率兵逼近兴化，但因为兵少，刘显不敢擅自攻城，却因此被弹劾，背负罪名。而福建总兵俞大猷也表示需要有大军合围。