1605年到1614年之间，阿巴亥给努尔哈赤生下了三个儿子。但同样是在这个时间，阿巴亥的叔叔布占泰终于为了叶赫老女东哥和努尔哈赤作翻了脸，拿箭射了自己正怀着孕的媳妇。布占泰的妻子，是努尔哈赤的第四个女儿，和硕公主爱新觉罗·穆库什。于是努尔哈赤灭了乌拉部，不过阿巴亥是个聪明的女人，在这种情况下下仍然稳坐大福晋的宝座，她所生的三个儿子，因嫡出因素，努尔哈赤将八旗军队中的三旗交给他们分别掌管。
后金天命十一年，努尔哈赤去世，阿巴亥也在诸大贝勒的逼迫下，自尽给努尔哈赤殉葬，那年阿巴亥才37岁。
顺治帝登基，多尔衮为摄政王，追尊其为皇后，谥号为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”。顺治帝亲政后，以多尔衮曾图谋篡位为由，开除了多尔衮的宗籍，并将阿巴亥的谥号取消，其神牌也从太庙撤出。
清史记载阿巴亥：“天命十一年七月，太祖有疾，浴於汤泉。八月，疾大渐，乘舟自太子河还，召大妃出迎，入浑河。庚戌，舟次叆鸡堡，上崩。辛亥，大妃殉焉，年三十七。同殉者，二庶妃。”但阿巴亥殉葬一事，却有一个备受争议的地方。就是她的死，真的是努尔哈赤下命，还是被以皇太极为首的诸大贝勒逼迫的。
第一种说法，就是被想要登汗位的皇太极联合诸大贝勒逼死了。而要将她逼死的原因，是因为当时阿巴亥手里有册封多尔衮为汗的遗诏。但是这种说法，其实是站不住脚跟的。皇太极当时势力强盛，多尔衮低他很多，如果真传给多尔衮，多尔衮压不住诸大贝勒，最后造成的只可能是后金的分裂。
第二种说法，是因为阿巴亥勾搭大贝勒，然后被努尔哈赤知晓，为此下令将阿巴亥殉葬。一同殉葬的，还有知晓其秘密，告密的妃子德因泽。