当太后向万历皇帝询问这件事情的时候，皇帝却顾左右而言它。问急了，干脆耍赖，说没这件事。皇帝的态度，让太后不快。她让人取来“起居注”，让皇帝自己看。铁证如山，皇帝抵赖不了，只好承认。在对冯保和张居正进行清算、报复之后，小世宗万历皇帝可以说是春风得意。三座大山的第一座张居正竟然自行坍塌了，这是谁也没有料到的事情，张先生可是六十岁还不到啊。要摊在严嵩身上，这个岁数还没有入阁呢。第二座冯保，被自己轻而易举地搬去南京，成了一块弃石。而第三座大山母亲李太后，也在自己的嬉笑怒骂中退居二线，不再干预政事。这些赫赫战果，让小世宗万历皇帝十分开心。
这几年，他真正感觉到了做皇帝的快乐，感觉到了做皇帝的权威。但是好景不长，过了不久，万历皇帝发现自己陷入了新的烦恼之中。如果张居正还在世，也许能够帮助他解除这个烦恼。但现在，他要一个人来承担、来排解。那么，万历皇帝遇上了什么烦恼事呢?这就要说说他的家事了，因为皇帝的家事总是和国事联系在一起的。
万历六年，万历皇帝十六岁，在母亲李太后的主持下，也在当时的司礼监太监冯保和内阁首辅张居正的张罗下，进行大婚，立了一位王姓姑娘为皇后。这位王皇后举止端庄，侍候李太后特别尽心，所以深得太后的喜欢。也由于她的这个性格，小世宗万历皇帝尽管未必很喜欢她，却十分敬重她。但遗憾的是，这位王皇后没有生育。
我们刚才说万历皇帝陷入了新的烦恼，就和这个王皇后没有生育密切相关。王皇后没有生育，万历皇帝的其他女人却有生育，女儿不算，他一共有过八个儿子。万历皇帝的长子朱常洛出生在万历十年八月，这时，张居正已经去世两个月了。万历皇帝这个儿子的母亲，和皇后同姓，也姓王，但她却是万历皇帝的母亲李太后慈宁宫中的一名宫女。根据《明史·后妃传》记载，这名王姓宫女和万历皇帝之间发生的故事纯属偶然，是一个不负责任的浪荡少年和一个苦命女子之间的故事。事情发生在万历九年年末的一天。万历皇帝照例来到母亲居住的慈宁宫请安，见到了这名王姓宫女。后来的事实证明，万历皇帝对这名王宫女根本就没有感情，更谈不上喜欢，但这一天鬼使神差，万历皇帝却私幸了王宫女。而就是这一次的私幸，使王宫女怀孕了。