在周恩来的保护下，“反动透顶”的马寅初最后并没有被划为“右派”。因为总理的关系，他的待遇一直保留。直到去世前，还有一些工作人员和他住在一起，包括秘书、炊事员、司机等等。
《百年潮》2014年7期 封面图
本文摘自：《百年潮》2014年7期，作者：徐梅，原题为：《马寅初最后的岁月》
自1953年起，马寅初每年都回浙江走访、调研，有赞有弹，从未停止过逆耳忠言的进谏。他的《新人口论》中关于“控制人口，计划生育，普遍推行避孕，每对夫妇生两个孩子。通过人口控制，降低消费，增加积累，扩大生产”的核心构想也是经过3年的实地考察后才提出的。
1955年他在人代会浙江组就人口控制作了发言，“好多代表不同意我的看法，虽然他们的意见我不能接受，但都是出于善意，故我主动把发言稿收回”。
等待观点公开的日子里，他曾对《文汇报》驻京记者说，“最招人生气的是那么一种人，他们看风使舵，看着共产党员反对的多，他也就反对，而又说不出个所以然来。这种人在哪一行里都有，共产党要听他们这些人的话，早晚要上当！”
马寅初与周恩来私交颇深，1959年庐山会议之后，周恩来担忧他的处境，亲自约见他并进行深谈，给他做劝导工作。
他在一夜深思之后，把自己的最终决定写进了《我的哲学思想和经济理论》一文的“附带声明”中：“最后我还要对另一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救；我1949年自香港北上参政，也是应他的电召而来。这些都使我感激不尽。如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
1961年年初，已经“下台”的他上书中央，对学习毛泽东思想中的个人崇拜和迷信，以及在社会经济生活中出现的唯意志论等问题坦率陈词，“搞个人崇拜是害了毛先生！”